Nos finais da Idade Média a aldeia de Salir afirmava-se ainda como uma importante localidade no termo de Loulé. A ermida de São Sebastião de Salir, pertencente à Paróquia de São Clemente de Loulé, era um edifício gótico de proporções razoáveis com capela-mor e corpo de três naves e três tramos com arcarias ogivais assentes em colunas de cantaria.

Após a elevação a sede de freguesia, nos meados do século XVI, ainda se construiu diante das fachadas principal e lateral sul um alpendre suportado por colunas com capacidade para receber mais fiéis.

À semelhança do que ocorria nos restantes templos algarvios, esta igreja foi sendo dotada de alfaias religiosas condicentes com as diversas conjunturas artísticas.

Como exemplos das artes decorativas subsidiárias da arquitectura apresentamos duas situações distintas, que já não existem, uma representativa da época medieval e outra do primeiro renascimento. A primeira diz respeito às pinturas murais que ornamentavam quer a capela-mor quer dois altares laterais: e a parede das costas do altar é toda pintada de imagens antigas, entre as quais está a imagem de Santiago a cavalo (“Visitação da Ordem de Santiago ao Algarve 1517-1518”, suplemento da Ver. Al-Ulyã, p.86); a segunda ao retábulo da capela-mor: um retábulo de seis painéis, as molduras, pilares extremos lavrados de marcenaria, dourados e bronidos (…). O guarda-pó pintado de azul com umas estrelas de ouro, tem um frontispício com umas medalhas (Visitação de Igrejas Algarvias da Ordem de São Tiago de 1554, p.40).

No terramoto de 1755 caiu a igreja toda, que era de três naves, ficou totalmente arruinada a capela-mor (Memórias Paroquiais de 1758). Na reconstrução efectuada nos anos imediatos, a igreja passou a ter uma só nave e capela-mor, ambas rectangulares.

Novos abalos sísmicos em 1856 e 1969 provocaram estragos relevantes e originaram sucessivas intervenções, pouco criteriosas em termos de requalificação patrimonial. Daí resultou a actual descaracterização particularmente visível nas molduras dos vãos da fachada principal e nos materiais usados no interior – no pavimento e nos azulejos do rodapé.

A última grande intervenção, a construção da actual cobertura, surgiu na sequência de um incêndio ocorrido em 1995, que destruiu o anterior telhado, que apresentava um forro de madeira.

No interior da tribuna do altar-mor encontra-se ainda a ornamentação em talha da época barroca, nomeadamente o trono piramidal e os painéis que revestem as paredes laterais e a cobertura.

O retábulo principal e os dois retábulos colaterais foram construídos na mesma campanha de obras, numa época de decadência artística já posterior à implantação do Liberalismo, provavelmente na segunda metade do século XIX. Daí terem sido construídos por um simples entalhador algarvio, que apesar de manter a tradição compositiva dos retábulos não consegue expressar a qualidade conseguida na região em épocas anteriores.

Sobrevivem nesta igreja dois retábulos de talha da época barroca.O mais interessante é o das Almas do Purgatório, devoção de larga aceitação no Algarve barroco.

Trata-se de um exemplar de boa execução técnica, da responsabilidade de uma das muitas oficinas de talha localizadas em Faro, sede do assento episcopal.

De registar a composição algo alcaizante do ático, que mantém uma estrutura tripartida e três interessantes representações iconográficas – as dos intercolúneos alusivas à salvação das Almas do Purgatório e a do ático à Santíssima Trindade.

De referir ainda o restauro realizado há poucos anos. Como elementos dissonantes dessa intervenção apontam-se a paleta cromática, a talha que remata o ático e a imagem de Nossa Senhora do Carmo, de época posterior.

O culto a São Sebastião, protector da peste e dos males contagiosos, teve grande aceitação no Algarve desde os finais da Idade Média, registando-se a sua devoção em muitas localidades.

Iconograficamente é representado jovem e imberbe, com as mãos atadas a um tronco de árvore oferecendo o corpo despido às setas do verdugo, que o trespassam, mas não o matam.

Esta imagem de vulto perfeito, de madeira com 86cm x 26cm, data do século XVII e adopta os cânones maneiristas. Presentemente está fora de culto, mas esteve colocada durante vários anos no altar-mor, pois era o orago do templo.

Trata-se seguramente de um exemplar executado na região algarvia por um imaginário sediado na vizinha cidade de Faro, sede do bispado.

No interior da igreja encontra-se um interessante pergaminho quinhentista originário de Roma, no qual o Cardeal João, membro da Ordem Dominicana e representante do Papa Paulo III, responde afirmativamente ao pedido de privilégios solicitado pelos responsáveis da Confraria do Santíssimo Sacramento de Salir.

Em 1550, após a recepção da resposta por escrito, os mesários da Irmandade do Santíssimo de Salir mandaram iluminar o rescrito e para tal recorreram certamente a um pintor farense, que utilizou o formulário do primeiro renascimento. Para além dos enrolamentos acânticos policromos que envolvem o texto, merecem referência as três medalhas com as representações iconográficas do Santíssimo Sacramento, de São Pedro e São Sebastião.