A Santa Casa da Misericórdia em Loulé foi instituída em meados do século XVI e em 1570, por ordem do rei D. Sebastião, o Hospital ficou sob a sua administração e com a incumbência de receber os que vinham feridos e doentes das campanhas do Norte de África.
Durante parte do século XVII e até à extinção das Ordens religiosas, 1833, a administração do Hospital e da Santa Casa esteve a cargo dos frades agostinhos descalços. Estes últimos instalaram-se naqueles espaços e procederam a obras que passaram pelo situar do albergue e do hospício nos baixios e do edifício do hospital nos altos.
Depois de 1833 a Igreja e o Hospício foram totalmente inseridos na estrutura da Misericórdia passando mesmo o templo a designar-se de “Igreja da Misericórdia.
A Igreja, situada entre as duas alas do Hospital, possui um pórtico manuelino, de tipo radeado, semelhante ao da matriz de Monchique. Na mesma fachada rasga-se uma janela por cima da qual se encontra um pequeno nicho sem qualquer ornato. Nele figura uma imagem da Virgem a que os Louletanos chamam de Nossa Senhora do Ó ou Nossa Senhora dos Pobres (por receber no seu regaço aqueles que estavam pobres de saúde).
O acesso à Igreja é feito subindo alguns degraus que foram escavados no adro. A meio do segundo degrau levanta-se um cruzeiro de pedra, obra do mesmo estilo e época do portal.
Tanto o pórtico como o cruzeiro foram classificados Monumentos Nacionais pelo Decreto 9842 de 20 de Junho de 1924.